该支付系统的作用有加速社会资金周转、为金融市场提供支持、促进电子商务发展。1、加速社会资金周转：现代化支付系统能够高效、安全地处理各银行办理的异地、同城各种支付业务及其资金清算，加快资金流转速度，有助于提高经济运行效率。
2、为金融市场提供支持：现代化支付系统连接着全国的商业银行和金融机构，形成一个全国性的清算网络，为金融市场的交易提供实时、高效、安全的支付清算服务，保障金融市场的正常运行。
3、促进电子商务发展：现代化支付系统能够支持大额、小额等多种支付业务，满足各种电子商务活动的需求，促进电子商务的发展。
